Činnost samostatných oddělení vymezuje zákon č. 147/2002 Sb., o Ústředním kontrolním a zkušebním ústavu zemědělském a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů a zákon č. 156/1998 Sb., o hnojivech, pomocných půdních látkách, pomocných rostlinných přípravcích a substrátech a o agrochemickém zkoušení půd (zákon o hnojivech), ve znění pozdějších předpisů a jeho prováděcí předpisy.

Oddělení bezpečnosti půdy a lesnictví

1. Vede seznam kontaminovaných ploch rizikovými prvky a rizikovými látkami, z důvodu ochrany vstupu nežádoucích látek do potravního řetězce.
2. Zajišťuje monitoring fyzikálních, chemických a biologických vlastností půd v síti trvalých monitorovacích ploch na zemědělské půdě a monitoring atmosférické depozice, včetně koordinace a vyhodnocení za resort MZe ČR.
3. Provádí průzkum půdních vlastností lesních pozemků a výživy lesních dřevin.
4. Provádí monitoring kvality upravených kalů a říčních a rybničních sedimentů v souvislosti s jejich dalším využitím na zemědělské půdě.

Oddělení biologických testací

1. Zajišťuje a vyhodnocuje agrochemické zkoušení zemědělských půd. Souběžně vede seznam kontaminovaných ploch rizikovými prvky a rizikovými látkami, z důvodu ochrany vstupu nežádoucích látek do potravního řetězce.
2. Pro výkon státního dozoru na úseku používání hnojiv provádí zkoušení vlivu různých způsobů a intenzit hnojení na výnos a kvalitu produkce a na půdní vlastnosti.
3. Provádí výkon znalecké činnosti u hnojiv, při posuzování agrochemických vlastností půd a při hodnocení kontaminace půd rizikovými prvky a rizikovými látkami.
4. Provádí kontrolu ploch po aplikaci upravených kalů, říčních a rybničních sedimentů, případně kontrolu těchto použitých materiálů v souvislosti s jejich dalším využitím.

Oddělení registrace hnojiv

1. Provádí registraci hnojiv, pomocných půdních látek, pomocných rostlinných přípravků a substrátů.
2. Zabezpečuje státní odborný dozor při přezkušování hnojiv, při jejich uvádění
   do oběhu a při jejich používání.