Kontrolu hnojiv vykonává Odbor zemědělské inspekce na základě § 12 zák. č. 156/1998 Sb., o hnojivech, pomocných půdních látkách, pomocných rostlinných přípravcích a substrátech a o agrochemickém zkoušení zemědělských půd, ve znění pozdějších předpisů (zákon o hnojivech) ve spojení s § 15 zák. č. 552/1991 Sb., o státní kontrole v těchto oblastech:

1. výkon úřední kontroly výroby, uvádění hnojiv a pomocných látek do oběhu, jejich označování, balení, skladování a používání 
2. zajištění odběru vzorků hnojiv, půdy, kalů a sedimentů
3. výkon úřední kontroly nad používáním sedimentů z vodních toků a vodních nádrží na zemědělské půdě
4. monitoring fyzikálních, chemických a biologických vlastností půd v síti trvalých monitorovacích ploch na zemědělské půdě 
5. zajišťování agrochemického zkoušení zemědělských půd a vyhodnocování výsledků
6. zabezpečení delegovaných kontrol pro platební agenturu
7. spolupráce při tvorbě právních předpisů v oblasti hnojiv